慢性肠炎最常见的是炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎或者克罗恩病。对于这类疾病，首先选择5-氨基水杨酸类药物抗炎治疗，包括柳氮磺吡啶、美沙拉秦或者奥沙拉嗪。此外，对于重症的患者，还可以使用糖皮质激素治疗。对于以上治疗无效的人，还可以选择免疫抑制剂以及生物制剂。