导致早上起床腰两侧酸痛的原因有很多，大致如下：第一、腰肌劳损。第二、椎间盘突出。如果患者椎间盘突出，睡的床又过于软，则可以出现腰痛的症状，建议此时最好是睡硬床。第三、受凉。第四、睡觉姿势不正常。第五、肾脏疾病。包括肾小球肾炎、肾损伤等。需要患者到医院进行进一步的检查。