卵巢巧克力囊肿手术之后是否能够恢复正常的功能，主要看手术过程中对卵巢的损伤有多大，如果对卵巢损伤比较大，功能恢复比较慢。如果对卵巢损伤比较少，卵巢功能会很快恢复正常，一般如果因为有卵巢巧克力囊肿损伤了一侧的卵巢，但是另外一侧卵巢是正常的，所以如果女性要正常的备孕没有明显影响。