通常情况下，艾滋病头痛是患者处于病毒感染晚期症状。当感染者处于疾病晚期时，艾滋病病毒会在人体繁殖，对患者中枢神经系统造成严重影响，从而导致患者出现头痛症状。如果不及时治疗，该疾病还可能引起患者出现意识障碍等情况，另外深部真菌感染，如新型隐球菌引起脑炎，也有可能出现头痛症状。