男孩阴茎短小原因如下：一、如果青少年在发育时期没有合理饮食，可能会导致体内促性腺激素分泌不足，就会对阴茎发育造成影响，从而导致阴茎短小，在确诊后应在医生指导下服用相应药物进行调理。二、如果男孩存在先天性包茎，并且包茎过于严重，可能会影响到阴茎发育，就会使男孩阴茎短小。