男性结石的疼痛部位和结石位置有关。结石如果体积比较大，一般在往下排的过程中容易卡在输尿管或者尿道中。结石卡在输尿管中主要表现为腰部胀痛不适或者腹部疼痛；如果卡在输尿管与膀胱交界处，会引起膀胱刺激征表现为尿痛，即解小便时，耻骨上区或者尿道有刺痛感。当结石卡在尿道时会引起会阴部疼痛不适或者阴茎疼痛。