月经没干净同房，会导致病原微生物上行感染，引起妇科疾病，比如宫颈炎、盆腔炎、子宫内膜炎、子宫内膜异位症等等。若出现严重的盆腔炎，会破坏输卵管粘膜，影响生育功能。经期同房还可能会诱发痛经，危害健康。建议等月经干净一至两天后再同房。