甲状腺功能亢进症的并发症通常是甲状腺功能亢进没有得到很好纠正的时候容易出现。例如可以出现甲亢性肝病、甲亢性肌病，发生周期性麻痹。还可以发生甲亢心，甲亢心的患者除了有心律失常，多表现为房颤以外，还可以有心脏结构的变化以及发生心衰，这种患者有发生猝死的风险。再有甲亢的患者容易出现甲亢危象，往往是在诱因的情况下诱发甲亢危象，治疗不当，有可能危及生命。