眼睛里飞进虫子需要通过以下方式治疗：第一、要注意不能揉搓眼睛，以免导致擦伤角膜上皮。第二、可以用清水或者洗眼液冲洗结膜囊，将虫子冲洗出来。第三、需要在眼部点抗生素滴眼液预防感染，例如常用有盐酸左氧氟沙星滴眼液、莫西沙星滴眼液等。第四、可以点促进角膜修复药物治疗，例如重组牛碱性成纤维细胞生长因子眼用凝胶等。