肛门痛会有许多肛门疾病引起。肛裂疼痛多在肛管后正中位或前正中位，排便时刀割样疼痛，呈间歇性，疼痛持续数小时。血栓性外痔肛缘出现暗紫色肿块，疼痛呈持续性。肛周脓肿疼痛为持续性胀痛或跳痛。肛窦炎排便时感到肛门部针刺样疼痛，平时有肛门异物不适感。肛管直肠癌晚期疼痛，位于肛门直肠、会阴和骶尾部，呈持续性痛。