真菌性角膜炎需要在眼部点抗真菌的滴眼液治疗，例如目前常用的有氟康唑滴眼液、那他霉素滴眼液等。真菌性角膜炎治疗起来是比较棘手的，病情通常难以很快控制，患者在用药治疗期间需要规律进行复查。如果病情难以控制，炎症继续加重，要考虑通过做角膜移植手术治疗。否则，一旦发展至角膜溃疡、穿孔，有可能引起真菌性眼内炎，从而对视力造成严重的损害。