小男孩在小便时出现疼痛，主要是孩子存在炎症导致或者结石引起，代表性疾病有前列腺炎、尿道炎、膀胱炎等疾病，还有可能是由于膀胱结石。膀胱炎在排尿结束以后会出现疼痛，而尿道炎是在排尿开始时出现疼痛，可以选择到医院检查尿常规、泌尿系统B超等明确诊断。