月经期偏头痛的发病原因是因为月经期是比较特殊的生理阶段，女性体内的激素水平发生变化引起的头痛。月经期雌激素水平下降，就导致乳内外血管以及子宫的血管对身体变化产生的生化因子，比如五羟色胺、神经肽类等血管活性物质变得比较敏感，通过影响交感神经的方式导致靶器官的功能发生变化，引起颅内外血管舒张功能改变，所以就发生了偏头痛，也可引起子宫血管痉挛、缺血，会导致来月经时伴有痛经的改变。