肛门隐隐作痛，首先是考虑有肛门周围脓肿的存在，或者是有直肠粘膜下脓肿等感染化脓性的疾病。另外也要排除是否有直肠发炎、肛窦发炎或者是肛乳头炎等因素所引起的。可以先到正规医疗机构的肛肠科进行检查确诊，在诊断明确以后主要是通过药物进行治疗，或者是通过手术进行治疗。