肛门内部疼痛常见于肛窦炎。肛窦炎伴有肛门内烧灼样疼痛或刺痛，肛门有坠胀感，粪便有少量黏液和鲜血。肛裂排便时和排便后，会出现肛门内肛管处溃疡面疼痛。疼痛呈刀割样或撕裂样，疼痛剧烈，难以忍受。有人误食了鸡骨头、鱼刺，排出时会嵌顿在肛管直肠处，引起肛门内疼痛。直肠塞入异物如酒瓶、木棒等，损伤肛管直肠，出现肛门内疼痛。内痔在肛门内形成血栓块，也会有肛门疼痛。