滴虫性阴道炎和细菌性阴道炎主要的区别是病原微生物不同，滴虫性阴道炎是由阴道毛滴虫感染而造成，细菌性阴道炎是由于加德纳菌、动弯杆菌、泥杆菌、链球菌以及支原体大量繁殖而引起。此外，滴虫性阴道炎分泌物多为黄绿色泡沫状，细菌性阴道炎分泌物多呈稀薄状，而且伴有鱼腥臭味。