米索前列醇的副作用是在使子宫平滑肌收缩的同时，也会引起胃肠道平滑肌的收缩。所以米索前列醇口服以后可能会出现恶心、呕吐以及腹泻的临床表现。同时也有少部分的患者可能服用以后出现过敏反应，表现为手心潮红，并且出现瘙痒的情况。也可能会导致患者出现呼吸困难等严重症状，需要积极地给予抗过敏治疗。