甲流后期咳嗽多久要根据病情决定。对于轻度甲流诱发患者出现感染后咳嗽，一般五到七天即可以好转；如果甲流诱发病毒性肺炎，此时患者咳嗽时间要适当延长，可能需要一到两周时间。但要注意对于部分重症甲流诱发重症病毒性肺炎，在其治愈后有可能会导致肺部出现不同程度性后遗症，此类患者有可能会出现慢性咳嗽患者，需要进行相应肺康复治疗。