引起新生儿先天性心脏病原因有很多：第一、基因遗传缺陷。包括单基因遗传缺陷和多基因遗传缺陷。第二、染色体异常。第三、先天性的代谢缺陷，也会导致先天性心脏病发生。此外非遗传性的因素，比如物理因素、化学因素、生物因素、妊娠期疾病、妊娠期用药等，也可能会导致孩子先天性心脏病的发生。