跖疣可以外用五妙水仙膏，五氟尿密啶乳膏，咪喹莫特乳膏或者干扰素凝胶等药物治疗，其中五妙水仙膏和五氟尿嘧啶乳膏有一定的腐蚀性，需要注意保护疣体周围正常的皮肤，以免引起损伤造成感染。对于反复发作者还可以口服免疫调节方面的药物，如匹多莫德或者胸腺肽，服药的时间一般需要三个月以上。