导致男人肾疼的原因主要有以下几种：一、尿路感染。比如急性肾盂肾炎，还会出现寒战、发热以及尿路刺激征等表现。二、肾结石。肾脏结石刺激肾盂和肾盏后，就会引起肾疼，并且疼痛比较剧烈，让人难以忍受，三、肾囊肿。如果囊肿较大时，也会引起肾脏胀痛或酸痛。