治疗萎缩性胃炎，最好的药物是应用中西医结合的方法进行治疗。根据患者表现的突出临床症状，应用保护胃黏膜的药物，如硫糖铝，结合复合维生素、维生素E。幽门螺旋杆菌阳性者，需要选择有效的抗生素进行杀菌治疗，同时结合中药摩洛丹，香砂六君子汤，平胃散等配合，治疗效果比较好。