急性和亚急性甲状腺炎一般不会出现后遗症，有一部分甲状腺甲状腺炎，包括亚急性甲状腺炎和慢性甲状腺炎在内会造成甲状腺组织破坏，造成永久性甲减，还会出现低代谢综合症以及畏寒、乏力、少汗、嗜睡等症状。甲状腺炎大多数都可以治愈，尤其是急性和亚急性甲状腺炎，一般不会留有后遗症。但是有一部分甲状腺甲状腺炎，包括亚急性甲状腺炎和慢性甲状腺炎在内会造成甲状腺组织的破坏，造成永久性甲减。出现甲状腺功能减退之后，可以出现低代谢综合症，还会出现全身的代谢过低、体温过低，部分患者会出现畏寒、乏力、少汗、嗜睡、体重增加等症状，此类情况下患者需要终身使用甲状腺激素改变甲状腺激素的水平，称为生理替代治疗。所以，如果伴随其他自免疾病，如1型糖尿病、系统性红斑狼疮等，一般预后较好。慢性甲状腺炎会随着甲状腺腺体的破坏出现终身的甲状腺功能低下症状。