包皮上长小水泡，常见的疾病如下：一、生殖器疱疹，该疾病是由于疱疹病毒感染引起，表现为阴茎上面有小水泡，患者疼痛症状比较明显，其治疗需要使用抗病毒药物进行控制。当小水泡破裂的时候，还需要对阴茎以及包皮进行消毒处理。二、包皮过敏，当包皮接触过敏原之后会出现过敏反应，表现为包皮上面长水泡，而且局部有瘙痒不适，需要进行抗过敏治疗。