巧克力囊肿是否可以怀孕，需要根据具体情况来做具体分析，如果囊肿比较小而且没有明显症状，则可以怀孕。如果巧克力囊肿比较大，而且伴随明显症状，如痛经、月经不调等，需要先手术治疗，而且巧克力囊肿体积过大也会影响卵巢排卵，影响怀孕，手术治疗后三个月内配合药物治疗，需要怀孕的女性，手术后要尽早怀孕，以免巧克力囊肿复发。