吞咽耳根部疼痛有可能是上呼吸道感染引起感冒或者急性咽炎、扁桃体炎等，建议患者可以到医院进行检查，一方面进行咽喉检查，同时进行耳部检查，明确病因并且积极治疗。患者应该多喝水，清淡饮食，好好休息，在医生指导下选择敏感抗生素药物进行治疗。