极少数巧克力囊肿可能会自然消失，体积比较小的巧克力囊肿，如果经过合理的用药可能会萎缩，比如服用短效避孕药，因为避孕药当中的孕激素可以抑制囊肿进一步生长，所以能达到萎缩的目的。当女性在绝经以后，由于卵巢停止，排卵雌激素水平大大的下降，巧克力囊肿也有萎缩的可能性。