子宫内膜异位的原因是不明确的，目前大部分认为与经血逆流有关。经血经输卵管进入盆腔，种植于卵巢和临近的盆腔腹膜，并在该处继续生长蔓延，形成盆腔内异症。此外，也与淋巴及静脉播散、体腔上皮化生、遗传因素，免疫及炎症反应有关系。