怀孕48天孕囊大小两厘米左右，会有胎芽和胎心存在，如果发现胎芽大小已经达到三毫米，但没有看到胎心有可能是胚胎停止发育，需要过七天左右再复查一次。怀孕48天如果确定胚胎停止发育，可以选择做药物流产，如果选择做人工流产一般建议做无痛人流终止妊娠，手术过程中会比较顺利。