子宫内膜异位症的病因，目前还没有明确，可能是活性的子宫内膜游走身体其他部位，比如脐部、膀胱、直肠，甚至可能乳腺、肺、手臂，都可能会有发现。正常子宫内膜应该在宫腔内，如果出现在子宫体外称为子宫内膜异位症。子宫内膜异位症，目前病因并不明确的，可能是活性的子宫内膜游走身体其他部位，比如脐部、膀胱、直肠，甚至可能乳腺、肺、手臂引起的。也与遗传因素有关，具有家族聚集性，如果母亲还有子宫内膜异位症，会增加女儿患病的几率。此外，还与炎症、自身免疫有关，如系统性红斑狼疮，反复慢性刺激，可能会导致内异症发生。如果部分女性有宫腔手术操作史，反复刮宫，也会造成医源性子宫内膜异位症发生。