头疼后脑勺疼的主要原因是颅内病变、颈椎病变以及血管神经痛引起。一、颅内肿瘤、脑出血以及脑梗塞，尤其是后颅外病变，更容易引起头疼，后脑勺疼。二、颈椎病、颈椎间盘突出，除了引起肢体麻木、乏力外，还因为颈部肌肉僵硬，导致后脑勺疼痛。三、枕部神经，包括枕大枕小以及耳后神经疼痛，可以引起头疼，后脑勺疼痛。