怀孕三个月时肚子疼考虑可能是先兆流产，女性可能还会出现阴道流血。患者可以通过B超检查了解宫腔内妊娠组织发育情况，密切是否存在流产。出现这种情况，也可能是由于子宫增大，周围韧带出现牵拉引起的疼痛，属于正常现象，可以热敷局部缓解。