颅内结核在磁共振影像学上主要和下面这些疾病进行相应的鉴别，首先是颅内其他方面的炎症，比如细菌性的脑膜炎，还有病毒感染引起的脑炎等。另外，还需要和原发性的颅内肿瘤进行相应的鉴别，有些时候颅内结核合并了脑积水，还要和其他原因导致的脑积水进行鉴别诊断。