孕早期胚胎停止发育，大都与精子和卵子的质量有很大的关系，如果他们存在染色体异常，就会导致胚胎停止发育。另外，如果女性有全身性的疾病也会导致胚胎停止发育，最常见的有妊娠期高血压、妊娠期糖尿病等，这些因素导致的血液中含氧量减少，也会引起胚胎停止发育，还有原因是由于子宫的畸形。