怀孕三个月有褐色分泌物，考虑出现了流产的情况，褐色分泌物是血液被空气氧化以后出现的颜色改变。怀孕三个多月时胎盘已经形成，如果除褐色分泌物以外没有其他的症状，考虑是胎盘附着位置异常所导致的出血，可以行B超检查明确胎盘的位置有无异常。如果伴随有下腹疼痛，要考虑出现了流产的症状，分析流产的原因后给予适当的药物治疗。同时，还要考虑有无宫颈病变以及凝血功能异常所导致的出血。