导致腰部针扎刺痛的原因有以下几个方面：一、外伤。比如摔伤、扭伤、车祸造成腰椎骨折或者是腰部肌肉损伤，会出现腰部剧烈疼痛或者是针扎样的疼痛。二、肾结石或者是泌尿系统结石，也会导致腰部出现绞痛或者是针扎样刺痛的症状。三、有可能是腰三横突综合征导致的疼痛。