半夜肚子疼原因比较多，首先见于十二指肠溃疡。十二指肠溃疡属于消化性溃疡，患者常出现典型的夜间痛。常有夜间痛醒的情况，这种疼痛在使用抑酸药物以后可以缓解。此外，还常伴有腹胀，早饱，嗳气反酸，烧心等症状。除此以外，夜间疼痛还应考虑与胆囊炎有关。胆囊炎是由于胆囊结石引起的，常有右上腹的疼痛，还有恶心，呕吐，发热，黄疸的表现。