碘酒可以使病原微生物的蛋白质变性，因此可以杀灭病原体。碘酒常常用于手术前以及皮肤注射前的消毒，由于碘酒的刺激比较大，所以再用碘酒消毒后，要用酒精进行脱碘。碘酒由于刺激比较大，所以不宜直接涂抹在破损的伤口；碘酒也不适宜进行阴道、鼻腔以及口腔黏膜的消毒。