肛门长疙瘩不能自愈。首先要明确肛门长疙瘩的病因，如出现肛垫下移、静脉曲张就会引起痔疮。如果是肛裂，也有可能是肛乳头所表现出，这些疾病不是自限性疾病，可以随着病情加重逐渐进展，所以肛门疾病一般都不会自愈，发现之后需要及时进行治疗。