心理咨询师证书是由国家相关部门发放的，用于证明持证人具备从事心理咨询工作的能力和资格，心理咨询师证书的发放机构主要包括以下几个部门：

1、中国心理学会：中国心理学会是中国心理学工作者的学术性社会团体，负责组织和实施心理咨询师的培训、考试和认证工作，中国心理学会下设心理咨询与心理治疗专业委员会，负责制定心理咨询师的培训大纲、考试大纲和认证标准，以及组织和管理心理咨询师的培训、考试和认证工作。

2、国家卫生健康委员会：国家卫生健康委员会是中国政府主管卫生和健康工作的部门，负责制定和实施心理咨询师的职业标准和管理规定，国家卫生健康委员会下设心理健康与精神卫生司，负责组织和管理心理咨询师的职业培训、考试和认证工作。

3、人力资源和社会保障部：人力资源和社会保障部是中国政府主管人力资源和社会保障工作的部门，负责制定和实施心理咨询师的职业培训、考试和认证政策，人力资源和社会保障部下设职业技能鉴定中心，负责组织和管理心理咨询师的职业培训、考试和认证工作。

4、地方卫生健康行政部门：地方卫生健康行政部门是地方政府主管卫生和健康工作的部门，负责制定和实施心理咨询师的地方性职业标准和管理规定，地方卫生健康行政部门下设心理健康与精神卫生科，负责组织和管理心理咨询师的地方性职业培训、考试和认证工作。

5、专业培训机构：除了政府相关部门外，还有一些专业的心理咨询师培训机构，如心理咨询师协会、心理咨询师培训中心等，也负责组织和管理心理咨询师的培训、考试和认证工作，这些培训机构通常与中国心理学会、国家卫生健康委员会等部门合作，共同推动心理咨询师的培训、考试和认证工作。

6、国际认证机构：随着心理咨询行业的发展，一些国际认证机构也开始在中国开展心理咨询师的培训、考试和认证工作，这些国际认证机构通常与中国政府相关部门、专业培训机构等合作，共同推动心理咨询师的国际认证工作。

心理咨询师证书的发放机构主要包括中国心理学会、国家卫生健康委员会、人力资源和社会保障部、地方卫生健康行政部门、专业培训机构和国际认证机构等，这些部门和机构共同负责制定心理咨询师的职业标准、培训大纲、考试大纲和认证标准，以及组织和管理心理咨询师的培训、考试和认证工作，确保心理咨询师具备从事心理咨询工作的能力和资格。