心理咨询师证书是由国家相关部门颁发的，用于证明持证人具备从事心理咨询工作的资格和能力，心理咨询师证书的颁发主要由以下几个部门负责：

1、中国心理卫生协会：中国心理卫生协会是全国性的心理学专业组织，负责组织心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过中国心理卫生协会组织的心理咨询师资格考试，可以获得心理咨询师证书。

2、各省市心理卫生协会：各省市心理卫生协会是中国心理卫生协会的地方分会，负责组织本行政区域内的心理咨询师培训、考试和认证工作，通过各省市心理卫生协会组织的心理咨询师资格考试，也可以获得心理咨询师证书。

3、教育部门：各级教育部门也会组织心理咨询师的培训、考试和认证工作，特别是针对学校心理咨询师的认证，通过教育部门的心理咨询师资格考试，可以获得心理咨询师证书。

4、企事业单位：一些企事业单位也会组织内部心理咨询师的培训、考试和认证工作，以提高员工的心理健康水平，通过企事业单位组织的心理咨询师资格考试，也可以获得心理咨询师证书。

心理咨询师证书的颁发程序一般包括以下几个步骤：

1、报名：参加心理咨询师资格考试的人员需要提前在相关部门报名，填写个人信息、提交相关证明材料等。

2、培训：报名成功后，参加培训课程，学习心理咨询师的相关知识和技能，培训课程通常包括心理学基础、心理咨询理论与方法、心理评估、心理治疗等内容。

3、考试：培训结束后，参加心理咨询师资格考试，考试一般分为笔试和面试两部分，笔试主要测试理论知识，面试主要测试实际操作能力和沟通技巧。

4、成绩公布：考试结束后，相关部门会公布考试成绩，考试成绩合格的人员，可以申请领取心理咨询师证书。

5、证书领取：申请领取心理咨询师证书的人员，需要携带相关证明材料到相关部门办理证书领取手续。

6、注册：获得心理咨询师证书的人员，需要在相关部门进行注册，以便开展心理咨询工作。

需要注意的是，心理咨询师证书的有效期一般为5年，过期后需要重新参加培训和考试，以更新证书，心理咨询师在从事心理咨询工作时，还需要遵守相关法律法规，如《中华人民共和国心理咨询师法》等，以确保咨询工作的合法性和专业性。

心理咨询师证书的颁发主要由国家相关部门负责，包括中国心理卫生协会、各省市心理卫生协会、教育部门和企事业单位等，通过参加培训、考试和认证，可以获得心理咨询师证书，从而具备从事心理咨询工作的资格和能力。